یکی از رایج ترین تست مدفوع، آزمون خون مخفی مدفوع  است که می تواند  برای تشخیص بسیاری از بیماری هایی که سبب خونریزی در سیستم گوارشی از جمله سرطان کولورکتال و سرطان معده  استفاده شود. سرطان ها و به میزان کم، ضایعات پیش سرطانی، سلول های غیر طبیعی را به مدفوع رها می کنند. سرطان ها و ضایعات پیش سرطانی (پولیپ ها) که با عبور مدفوع زخمی می شوند، ممکن است خون را به مدفوع فرو بریزند که می تواند توسط یک آزمایش هموگلوبین شناسایی شود.

جهت بررسی وجود انگل، خون، باکتری‌های عفونت‌زا و جهت بررسی عملکرد دستگاه گوارش، زمانی‌که نشانه‌هایی همچون اسهال، انقباضات ناحیۀ شکمی‌دیده شود و جهت بررسی خونریزی مسیر گوارشی یا شانس وجود سرطان کولون این آزمایش درخواست می‌شود. نمونه مربوطه، شامل یک یا چند نوبت نمونه مدفوع، که بهتر است طی چند روز متوالی گرفته شود.

رایجترین کاربرد آزمایش مدفوع برای تشخیص انواع انگلهای بیماری زا در روده است.